إن محطة المعالجة مهما صغر حجمها أو كبر فلا بدّ أن تمتلك هيكلاً تنظيمياً يكون مسؤولاً عن إدارتها وتشغيلها وصيانتها, والاختلاف بين المحطات الكبيرة والصغيرة هو أنه من الممكن أن تجتمع عدة مهام في شخص أو أن تجتمع عدة مهام في شخص أو أن تكلف إلى عدة أشخاص وذلك يتعلق بحجم المحطة وقد يكون الهيكل التنظيمي مكلف بتشغيل أكثر من محطة.
رئيس المحطة
يجب أن تكون لديه الدراية والمعرفة اللازمة بعمل المحطة وبالقوانين والأنظمة اللازمة لإدارتها فنياً وإدارياً, كما يملك الحكمة والقدرة على اتخاذ القرارات اللازمة للوصول إلى الأداء الأمثل لعمل المحطة.
من مسؤوليات رئيس المحطة نجاح أداء المحطة واستقرارها ومظهرها وعمالها وتجهيزاتها وآلياتها وأمنها.
معاون رئيس المحطة
ينوب عن رئيس المحطة في حال غيابه عن المحطة ومن مهامه متابعة الأعمال الميدانية في المحطة من الصيانة والتشغيل, والإشراف المباشر على أعمال المشاريع في المحطة و والقيام بالجولات الميدانية على كامل أجزاء المحطة داخل وخارج أوقات الدوام وفي جميع العطل, والتأكد من التزام كافة عناصر المحطة بالدوام وبالمهام المكلفين بها.
المسؤول المناوب
يملك المسؤول المناوب الدراية الكافية بآلية عمل المحطة وخطط الطوارئ حيث أنه المرجع في إدارة المحطة خارج أوقات الدوام الرسمية وأيام العطل.
رئيس قسم المعالجة
يجب أن يكون مختص بأنظمة المعالجة ولديه الخبرة بالتعامل مع مؤشرات التشغيل وأنواع البكتريا وأشكالها واتخاذ القرارات والإجراءات المناسبة لتحسين أداء المحطة وخصوصاً عند المشاكل.
رئيس قسم التشغيل
ومن مهامه تنفيذ تعليمات قسم المعالجة ووضع خطط آلية عمل العمال في الحالات الطبيعية وعند زيادة الغزارات وعند الطوارئ, ووضع برنامج دوام وعمل العمال, وأخذ القراءات والبيانات وتسجيلها في السجلات الخاصة, والقيام بجولات ميدانية لمتابعة تنفيذ التعليمات على الواقع.
والحضور إلى المحطة عند حالات الطوارئ وخصوصاً الناجمة عن الأحوال الجوية, وفتح السجلات اليومية لتسجيل كافة البيانات من غزارات وقيم وملاحظات التشغيل وإرسال نسخة لقسم المعالجة.
رؤساء ورديات التشغيل
مهمتهم متابعة العمال بشكل مباشر وتنفيذ أوامر وتعليمات رؤسائهم وعددهم يتناسب مع حجم وطبيعة المحطة.
رئيس المخبر
مهامه قطف العينات من كافة مراحل المعالجة حسب نظام عمل المحطة وإجراء التحاليل المطلوبة, وتدوين النتائج لبيان مؤشرات المعالجة, وتحضير عينات الأحياء الدقيقة, وتوثيق ما يطرأ على حياتها يومياً, وإجراء التحاليل الخارجية حسب نظام عمل المخبر.
قسم الصيانة
وهو القسم الذي يهتم بتجهيزات ومعدات ومنشآت وآليات المحطة لتبقى بالجاهزية الكاملة من أجل تحقيق الغاية الأساسية للمحطة وهي الحصول على أحسن نوعية للمياه المعالجة ومن أجل ذلك يجب تنفيذ جميع أنواع الصيانة الميكانيكية والكهربائية والإلكترونية وبكافة أشكالها الوقائية والدورية والطارئة والخفيفة والثقيلة.
رئيس قسم الصيانة
يجب أن يمتلك الخبرة الطويلة والكافية في كافة تجهيزات المحطة وآلية عملها والغاية من عملها, كما يجب أن يملك الخبرة في مجال الميكانيك والكهرباء من أجل تنفيذ أعمال الصيانة المناسبة.
رئيس الورشة
يجب أن يكون خاضع لدورات تدريب وتأهيل على أسس الصيانة حسب اختصاص القسم وقيادة العمال, والأمن والسلامة المهنية, ويملك الخبرة في حل المشاكل الفنية, ولكل قسم صيانة رئيس ورشة.
ومن مهام رئيس الورشة متابعة العمال بشكل مباشر والتأكد من تنفيذ المهام المطلوبة منهم, وتبليغ رئيس القسم عند انتهاء الصيانة, ويوزع ويكلف العمال بأعمال الصيانة حسب خبراتهم وإمكانياتهم بالتنسيق مع رئيس القسم.
ويضع الحلول الفنية المناسبة في موقع العمل وعند صعوبة الحل يبلغ رئيس القسم ولا يجازف بالاجتهاد ويقوم بتدوين الأعمال اليومية على السجلات, ثم تفريغها إلى أرشيف التجهيزات, ويحرص على تنفيذ التعليمات وتوصيات جهاز الأمن والسلامة المهنية.